Jika anda run 'php -v' maka yang ditampilkan adalah informasi php 'default' (dikenal di Kloxo-MR sebagai 'php branch'). Anda sendiri memakai php54m.
Untuk phpXYm (misalnya php54m), ioncube sudah ada tapi hanya belum aktif.
Untuk php54m, copy ioncube-loader.nonini ke ioncube-loader_used.ini di /opt/php54m/etc/php.d. Kemudian lakukan 'sh /script/restart-web -y'.