Coba saja jalankan:
free -m
sh /script/restart-all
free -m
Bandingkan hasil kedua 'free -m'.
Di versi OS terakhir (terutama karena mysql) cenderung pemakaian ram lebih besar. Hal ini karena 'skip-innodb' bisa menimbulkan masalah jika di-enable. Ini artinya innodb harus tetap ada di mysql. Ini berarti memakan memory lebih besar.
Saya tidak tahu persis yang anda bandingkan KLoxo-MR yang sekarang anda pakai terhadap apa?. Apakah terhadap Kloxo official, KLoxo-MR 6.5.0.f awal-awal, Kloxo-MR 6.5.0.f akhir-akhir atau Kloxo-MR 6.5.1. Ada perbedaan mendasar antara mereka.
Semua proxy (lighttpd/nginx/hiawatha-proxy) jelas masih bisa 'membaca' .htaccess. Toh maksud proxy disini adalah juga proxy-to-apache.