kejadian sering terjadi di saya juga, kadang masalah di mysqlnd lebih stabil kalo pake pake phpx-mysql. terus kadang masalah juga kalo pake skip name resolve / skip networking di my.cnf
Terakhir lebih stabil kalo mysql nya di set pake port [3306], yang pake sock dimatikan optionnya di my.cnf
Entahlah, masalah ini kadang ilang sendirinya, pas update kloxo, kadang muncul lagi..