alhamdulillah sudah jalan. Menggunakan "cp -f /usr/share/mysql/my-large.cnf /etc/my.cnf" sebagaimana referensi tersebut.
Selanjutnya, karena ingin menggunakan innodb, maka dibagian skip-innodb saya kasih comment. Semoga asumsi saya benar.
Note: VPS menggunakan OpenVS
# The MySQL server
[mysqld]
..
..
performance-schema=on
default-storage-engine=myisam
#skip-innodb
#OpenVZ AIO bug fix
innodb-use-native-aio=0