Maksudnya, memang anda tidak hapus user di panel tapi karena sesuatu hal ada yang lakukan 'userdel usertentu' di ssh sehingga ketika fixweb (juga fixphpfpm) 'usertentu' ini tidak terdeteksi. Begitu kemungkinannya.
Coba periksa di panel, apa saja user yang dibuat (tentunya admin juga) dan kemudian coba lakukan (misalnya untuk admin):
> id -u admin
1006