Masalah terjadi pada mysql. Memang mysql versi tertentu punya kelakuan yang menyimpang begini. Seharusnya suatu aplikasi yang bersifat service harus men-set state sebagai 'on'. Dengan menjalankan 'upcp -y' maka Kloxo-MR akan melakukan proses re-install dimana aplikasi lama akan di-remove dan aplikasi baru di-install yang baru.
Kejadian ini tidak akan terulang karena selanjutnya tidak perlu lagi menjalankan 'upcp -y' tetapi cukup 'cleanup' jika ada update.
Saya lebih menyenangani nsd karena lebih hemat memory dan lebih cepat propagasi.