ok sudah fix 1000%
ternyata ini penyebabnya karena kloxomr "tidak konsisten" dalam config dasar di /opt/configs/nginx/tpl/domains.conf.tpl
kalau saya prinsipnya buat config tambahan di /opt/configs/nginx/conf/globals/domain.com.conf "hanya untuk setting mod rewrite url", dan sever saya yg satu versi 2016052103 tidak usah membuat custom.domains.conf.tpl karena secara default sudah seperti yang saya inginkan...
nah untuk versi terakhir ini ternyata beda lagi ternyata balik lagi seperti dulu harus buat custom.domains.conf.tpl karena prinsipnya sudah berbeda dg keinginan saya, ketika ada file di /opt/configs/nginx/conf/globals/domain.com.conf maka yg di include domain.com.conf saja, padahal kalau nginx only juga butuh include '/opt/configs/nginx/conf/globals/switch_standard.conf';
nah karena hal itu tidak ke include maka tidak bisa kebaca phpnya...
semoga kedepannya lebih konsisten dalam pembuatan conf, dulu juga pernah masalah folder ssl yg berubah2...