Anda pakai plugins apa di wordpress?. Bisa jadi plugins yang jadi sebab.
Saya ada kelola sekitar 50 wordpress baik yang single maupun multiside. Hanya 1 website yang bermasalah seperti anda. Solusi saya adalah dengan merubah nilai 'Static Files Expire' menjadi '-1' (artinya disable).
Oh ya, saya pakai apache 2.4 untuk hiawatha-proxy atau nginx-proxy.