berarti ada error lain : tunggu petunjuk dari para master :?:
sy juga nggak ngerti, ATAU silahkan dicoba "yum remove php54-mysqlnd" lalu "yum install php54-mysql" ATAU kalau nggak sabar ya pakai trik primitif : install ulang, kalau perlu mulai dari fresh centos
:?: kelihatannya ini bug, karena banyak kasus sejenis terkait mysql database