Masalahnya sepele. Entah karena apa sebabnya, directory /home/httpd/<domain>/stats tidak ada untuk beberapa domain. Setelah directory yang hilang dibuat, restart httpd berjalan sukses.
Jika menghadapi masalah seperti ini, gunakan 'log manager' pada panel. Misalnya anda bisa lihat error apa untuk 'httpd error'.